Lancet Oncol:肾透明细胞癌与肥胖悖论特别的转录组特征分析

2021-10-12 18:19:48 来源:
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一.学绝技研究剧中

心肺部疾病与小肠透明蛋白胃癌 (ccRCC)的高风险减少有关,但心肺部疾病又不和地与该病变的预后改善有关,其潜在必要尚不明确。现时创作者对心肺部疾病症状和出新现时异常体形症状在原发病变和结节周三酸甘油酯细胞之中的肺部转化成和病原体转录分组关联性进行时学绝技研究归纳。

本文介绍了基因序列表格达引起的微环境的关联性更容易解释心肺部疾病症状的适应环境优势(心肺部疾病法则)。

二.归纳流程三.发表文章简介1.COMPARZ数据集流、TCGA-KIRC数据集流、MSK病原体治疗法数据集流数据集搜集、矫正

在COMPARZ数据集流的453名症状之中,有375名(83%)症状兼具需用的微阵列数据集,治疗法之前BMI测量以及无进展和某种程度适应环境数据集进行时归纳(表格1)。除119名(26%)超载症状内外,来自COMPARZ试验的就此数据集流之外256名(68%)症状(n=256)。

表格1.COMPARZ医学数据集流的人口统计人口统计学和医学基本特征

TCGA-KIRC数据集流之中的332事例症状之中,评量了经小肠切除绝技治疗法的152事例(46%)后半期(即AJCC III和IV期)ccRCC症状的医学和人口统计人口统计学数据集(表格2)。在意味著59名(39%)超载症状后,最后获的数据集流之外93名症状(n=93)。

表格2.后半期透明蛋白小肠蛋白胃癌TCGA-KIRC数据集流的人口统计学和医学基本特征

从62事例MSK病变外围三酸甘油酯细胞数据集流之中进行时小肠脏切除绝技的非白血病透明蛋白RCC症状之中获了原发性病变和病变外围三酸甘油酯仪器。在这个数据集流之中,从59名症状的PNN(小肠周邻近)病变外围三酸甘油酯,25名症状的PNA(远离小肠周)病变外围三酸甘油酯以及55名症状的病变分其组织之中调制。在意味著超载症状之后,就此数据集流之外41名(69%)PNN采样症状, PNA采样为17(68%),病变采样为37(67%)。从最初的203名参加者的MSK病原体治疗法学绝技研究人;也之中意味著74名(36%)超载症状后,总适应环境归纳的就此数据集流之外129名(64%)参加者(表格3)(n=129)。

表格3. 引入MSK病原体治疗法的医学数据集流的人口统计人口统计学和医学基本特征

2.心肺部疾病的小肠透明蛋白胃胃癌状一般而言出新现时异常体形的小肠透明蛋白胃胃癌状总适应环境期更少

根据KM适应环境归纳,在三分组之中都挖掘出新心肺部疾病症状的总适应环境期更少。在TCGA-KIRC数据集流之中,经分阶段校对后,心肺部疾病症状的某种程度存活期长于出新现时异常体形分组;在COMPARZ数据集流之中,经IMDC高风险总分校对后,胖症状的某种程度存活期也长于出新现时异常体形分组。在MSK病原体疗法数据集流之中,经IMDC高风险总分校对后,BMI与致死率的无突出新关联性(如由此可知1)。

由此可知1.TCGA-KIRC数据集流 (A)、COMPARZ 数据集流(B)和MSK病原体治疗法数据集流(C)的总适应环境期

3.COMPARZ数据集流之中心肺部疾病症状兼具更容易的PFS

对CPMPARZ数据集流KM归纳后,KM斜率标示出新,COMPARZ数据集流之中心肺部疾病症状比出新现时异常体形症状兼具更容易的PFS。

由此可知S1.COMPARZ数据集流之中心肺部疾病症状比出新现时异常体形症状兼具更容易的PFS

4.应用于中路抗病毒治疗法,心肺部疾病症状仍兼具更容易的OS

KM斜率标示出新了在应用于中路丝氨酸腺苷抗病毒(pazopanib或Sunitinib)的两个治疗法分组之中,心肺部疾病症状的OS仍然较出新现时异常体形症状好。

由此可知S2.COMPARZ数据集流应用于中路抗病毒治疗法分组的总适应环境期归纳

5.COMPARZ数据集流之中,心肺部疾病与出新现时异常体形的症状转录分组基因序列基本特征普遍存在突出新关联性

看看上述归纳,创作者在三个数据集流之中确认心肺部疾病法则普遍存在之后,接下来在COMPARZ数据集流之中对心肺部疾病和出新现时异常体形症状评量了病变转录分组学关联性。先是做了Hallmark基因序列集的GSEA归纳,较为心肺部疾病症状与出新现时异常体形症状彼此之间的关联性:心肺部疾病症状之中标示出新脱水、TGF-β、上皮-间充质彻底改变和肺部转化成信号渠道突出新上调,提示喉咙下颚简而言之的激活(由此可知A)。由此可知B是对由此可知A挑选的几个基因序列表格达渠道的Enrichment plots。

由此可知S4.COMPARZ数据集流之中心肺部疾病症状与出新现时异常体形症状的ccRCC病变转录分组基因序列基本特征普遍存在突出新关联性

6.COMPARZ数据集流与TCGA-KIRC数据集流 之中心肺部疾病比出新现时异常体形症状的肺部转化成总分高

在GESA衍生的基本特征基因序列集肺部转化成总分较为之中,心肺部疾病症状极低出新现时异常体形症状(如由此可知2)。

由此可知2.COMPARZ数据集流(A)与TCGA-KIRC数据集流 (B)之中心肺部疾病原发病变症状与出新现时异常体形症状的肺部转化成的z score

7.出新现时异常体形与心肺部疾病症状病变的病原体蛋白;也无突出新关联性

对出新现时异常体形(7事例)与心肺部疾病(16事例)症状的原发病变的主要病原体蛋白需求量仅引入流式蛋白绝技进行时评量。由此可知A标示出新了心肺部疾病症状与出新现时异常症状彼此之间的病原体蛋白;也的某种程度关联性。由此可知B明确标示出新了心肺部疾病和出新现时异常体形症状T蛋白;也的增生水平。挖掘出新出新现时异常体形与心肺部疾病症状病变的病原体蛋白;也无有一点注意关联性,病原体蛋白增生的程度与BMI所谓。

由此可知S9.用流式蛋白绝技归纳出新现时异常体形与心肺部疾病症状病变的病原体蛋白;也无有一点注意关联性

8.与出新现时异常体形症状相对,心肺部疾病症状结节周三酸甘油酯细胞瘙痒减少,尤其是病变邻近的结节周三酸甘油酯

在MSK的非白血病ccRCC症状的之前瞻性数据集流之中,创作者分割了20个最突出新的丰富的IPA规范渠道,这些渠道来自于心肺部疾病和出新现时异常体形症状的PNN和PNA采样的较为(由此可知A)。心肺部疾病和出新现时异常体形症状的PNN和PNA采样彼此之间的病原体增生(ssGSEA总分)较为(由此可知B)。

由此可知S5.与出新现时异常体形的症状相对,心肺部疾病症状的小肠周三酸甘油酯标示出新出新瘙痒和脱水减少

综上,在COMPARZ试验数据集流之中,经过IMDC高风险总分调整后,挖掘出新一般而言出新现时异常体形症状,丝氨酸腺苷抗病毒治疗法提升了心肺部疾病症状的适应环境率,有一点注意是做sunitinib治疗法的症状。IMDC高风险总分模型相关联的分组分间接反映消化道环境因素对胃胃癌系统性瘙痒作用(事例如贫血,之带电粒蛋白有所增加,和血小板有所增加症),这些环境因素显然也是病原体治疗法结果和BMI彼此之间关联必要的缘故。挖掘出新心肺部疾病症状的病变肺部转化成分数极低出新现时异常体形症状,与早先其他的学绝技研究试验之中的,参与肺部转化成,β-锌简而言之等等基因序列的富集的周期性一致。因此,肺部转化成的关联性可以其余部分解释心肺部疾病症状做丝氨酸腺苷抗病毒治疗法后的极好预后。

此学绝技研究为心肺部疾病法则共享了生态学支持。在抑郁症ccRCC的症状捕捉到到心肺部疾病症状一般而言出新现时异常体形的症状病变微环境的关联性:有一点注意是心肺部疾病症状的病变的肺部转化成减少,但某种程度瘙痒无有一点注意关联性。有一点注意的是心肺部疾病症状的病变外围三酸甘油酯标示出新减少的瘙痒和脱水状况。透明蛋白胃癌与结节周三酸甘油酯细胞微环境的复杂化学键显然兼具医学意义,有一点有利于学绝技研究。

原始出新处:

Sanchez A, Furberg H, Kuo F, Vuong L, Ged Y, Patil S, Ostrovnaya I, Petruzella S, Reising A, Patel P, Mano R, Coleman J, Russo P, Liu CH, Dannenberg AJ, Chan TA, Motzer R, Voss MH, Hakimi AA. Transcriptomic signatures related to the obesity paradox in patients with clear cell renal cell carcinoma: a cohort study.Lancet Oncol. 2020 Feb;21(2):283-293

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